ترجع فكرة إنشاء المتحف في الإسكندرية إلى عام 1882 ليضم مقتنيات من الأثار المصرية في العصرين اليوناني والروماني ، والتي يعثر عليها في الإسكندرية وفي مناطق الآثار اليونانية الرومانية الأخرى ،
كان المتحف في البداية منشأة صغيرة تتكون من خمس حجرات تقع في شارع رشيد ( طريق الحرية ) ، ومع كثرة الآثار اليونانية الرومانية المكتشفة ، أصبح واضحا أن هذا المبنى الصغير لم يعد يفي بالغرض المطلوب منه ، لهذا تقرر إنشاء متحف جديد عام 1895 وهو المتحف الحالي وكان يتكون من 11 قاعة عرض وبمرور الوقت أضيفت الى المتحف قاعات أخرى ، كانت آخرها القاعة رقم 25 والتي استجدت أثناء تطوير المتحف عام 1984 , وهي القاعة التي تضم أكبر مجموعة من العملات من معادن مختلفة منذ عام 650 ق . م من بلاد اليونان وحتى العصر العثماني ،
ومن أهم المجموعات المعروضة بالمتحف تلك التي تعرف بمجموعة الإسكندر او قاعة الإسكندرية والتي تضم بعض رؤوس تماثيل للإسكندر الأكبر وتمثال للإله سرابيس على هيئة ثور والذي يرجع لعهد هادريان والذي عثر عليه في منطقة السرابيوم بالإسكندرية وتمثال نصفي لسرابيس بهيئته الآدمية من الألبستر وآخر بهيئة آدمية أيضا من خشب الجميز ولوحات من الفسيفساء تصور رمز الإسكندرية على هيئة امرأة ، وكذلك تمثال لكل من إيزيس وحاربوقراط ،
ثم هناك القاعة التي تضم مجموعة من الآثار المصرية من تماثيل وتمائم وتوابيت وكذلك أقنعة جصية رومانية وبعض مقتنيات معبد الإله سوبك المعروض في الحديقة المتحفية والذي كان يقوم في منطقة بطن حريت بالفيوم ،
وهناك القاعة التي تعرض فيها قطع منحوتة تمثل التزاوج بين الفن المصري والفن اليوناني ثم القاعة التي تضم عددا كبيرا من اللوحات الجنائزية وقاعة تماثيل الآلهة وأشهرها تمثال الالهة أفروديت ثم قاعة التوابيت وقاعة الفخار وقاعة التناجرا وقاعة الزجاج والمسارج والنسيج وبعض القطع القبطية وتيجان أعمدة مختلفة ،
قاعة جديدة للمومياوات الفرعونية بالمتحف المصري :
بعد مرور نحو عشر سنوات على افتتاح قاعة المومياوات الملكية بالمتحف المصري في القاهرة افتتحت يوم الأحد الموافق 6/8/2006 قاعة ثانية تضم 11 مومياء لملوك وكهنة من الأسرتين العشرين والحادية والعشرين ،
وقد خضعت المومياوات قبل عرضها لعمليات ترميم دقيقة من خلال معمل بحوث الآثار وتم سحب الرطوبة منها ومعالجتها قبل العرض لمنع البكتريا من النمو حتى لا تتأثر المومياوات سلبا .
وقد استغرق إعداد هذه القاعة وتجهيزها عامين كاملين وتم تصميمها وفقا لأحدث الأساليب العصرية في العرض المتحفي وتأخذ شكل إحدي المقابر الملكية بوادي الملوك بالبر الغربي بالأقصر ويعلوها سقف مقبى وتنتشر بداخلها إضاءة خافتة مثل القاعة الأولى مضيفة على هذه المومياوات جلالا ورهبة يليقان بأصحابها من الملوك العظام ،
وتحمل القاعة الجديدة رقم 52 بالطابق العلوي بالمتحف وتضم 11 مومياء ملكية جميعها بحالة جيدة وتم اكتشافها في خبيئة الدير البحري وتعرض المومياوات داخل صناديق زجاجية صممت لهذا الغرض بداخلها أجهزة لقياس وضبط نسبة الرطوبة والحرارة لضمان الحفاظ على المومياء ،
وتنقسم المومياوات داخل القاعة الى مجموعتين حسب التسلسل التاريخي تضم المجموعة الأولى مومياوات لبعض ملوك الأسرة العشرين مثل مومياء رمسيس الثالث ، رمسيس الرابع , أما المجموعة الثانية فتضم مومياوات كهنة آمون الذي هو المعبود الرسمي للإمبراطورية الحديثة في هذه الفترة ولقب كبير الآلهة ،
وقد تمكن كهنة آمون من حكم مصر في الجنوب وأصبحت طيبة العاصمة الدينية الكبرى للبلاد ولقب الملوك بألقاب الكهنة فأصبحوا الملوك الكهنة وكونوا الأسرة الحادية والعشرين " 1085 -945 ق. م " ومن هؤلاء الملوك الكهنة " بانجم الثانية وزوجته يست أم خب دي " التي كانت كاهنة المعبودة ايزيس والمعبودين مين وحورس ،
وتعرض القاعة أيضا مومياوات لملكات من الأسرة الحادية والعضرين منهن " حنوت تاوي " ولها ملامح نوبية وكانت زوجة كبير كهنة " آمون بانجم " الأول و " ماعت كا رع "